第三次世界大戦もなく、宇宙人の襲来もなかった、現代からつながる当たり前の未来。その世界ではロボットが日常的に存在し、様々な場面で活躍していた。
神姫とは、人間の補佐をするために作られた全高15センチの可愛いパートナー。知性と感情を備え、マスターである人間に尽くし、仕える。

その神姫に人々は、思い思いの武器・装甲を装備させ、戦わせた。
名誉のために、強さの証明のために、あるいはただ勝利のために。
マスターに従い、武装して戦いに赴く彼女らを人は、《武装神姫》と呼ぶ。

高校1年生の少年・理人に仕える、神姫のアン、アイネス、レーネ。そこに好戦的な神姫のヒナが加わって・・・