夏休み最後の夜、学校のプールに忍び込んだ浅羽直之は、手首に銀色の球体を埋め込んだ不思議な少女「伊里野加奈」と出会う。

新学期、伊里野は浅羽のクラスに転校してきた。

他人とのコミュニケーションを苦手にしているらしい伊里野だったが、浅羽には心を開き、学校生活を通じ、親密になっていく。しかし頻繁に校内放送で呼び出され、時に不思議な「反応」を起こす…。
その現場にいつも現れ、窮地を救う謎の黒服の男・榎本。伊里野は逃れられない宿命と重大な任務を背っているのか…！？

やがて、軍事基地拠点都市「園原」と、新聞部が解明を目指すUFO騒動は、特殊戦闘機「ブラックマンタ」とその操縦士および護衛部隊の存在を通じ、解明されていく…

いま、伊里野と浅羽のせつない“UFOの夏”は始まった…。